DNA酶即DNA水解酶，又称核酸内切酶，化学本质是蛋白质。因为叫做核酸内切酶，所以和限制性核酸内切酶（限制酶）化学本质相同。绝大多数酶的化学本质都是蛋白质，只有少数酶如逆转录酶的本质是RNA。酶的化学本质是蛋白质。因为：
①酶是高分子胶体物质，一般不能通过半透膜；
②酶是两性电解质，溶于水，在等电点易沉淀，酶活力-pH曲线和两性离子的解离曲线相似，酶在电场中能像其他蛋白质一样泳动；
③导致蛋白质变性的因素，如紫外线、热、表面活性剂、重金属、蛋白质沉淀剂等，都能使酶失效；
④酶能被蛋白酶水解而丧失活性。此外，最直接的证据是对所有已经高度纯化和结晶的酶进行一级结构分析，结果都表明酶是蛋白质。
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